PHD OPPORTUNITY · BOOKUNI
微生物食品中蛋白质和营养素生物利用度的计算建模博士奖学金——BRIGHT
丹麦技术大学Technical University of Denmark
哥本哈根 · 丹麦
01项目概览
本博士项目通过计算建模预测微生物食品的营养价值和生物利用度。候选人将开发人工智能/机器学习模型,整合蛋白质语言模型嵌入和营养数据,以优化这些食品的消化、吸收和利用,为可持续膳食方案作出贡献。
02研究内容
职位描述:你是否对我们所吃的食物如何影响微生物组和代谢健康感兴趣?是否希望确定微生物食品的营养价值?欢迎加入前沿跨学科研究环境,担任微生物食品蛋白质和营养素生物利用度计算建模博士生。
该职位属于 BRIGHT 微生物食品任务。你将帮助开发计算工具,预测替代蛋白质和营养素的营养价值。我们的目标是预测蛋白质或微生物食品在人体内的消化、吸收和同化程度,以便在不牺牲口味和质地的前提下,定制营养且可持续的食品。
你将构建任务核心计算模型,把蛋白质语言模型嵌入与营养组成、蛋白质组学及代谢组学数据结合,建立多模态AI/机器学习系统,预测蛋白质消化率和生物利用度,以及微量营养素和食品来源生物活性物质的生物利用度。该职位完全以计算研究为主,你将与生成体外和临床数据的科学团队合作,用这些数据训练并验证模型。
职责:综述蛋白质生物利用度前沿研究,包括消化、吸收和同化,重点关注微生物食品;构建多模态AI/机器学习模型,整合蛋白质语言模型嵌入和营养组成数据,预测蛋白质消化率和生物利用度,并以 DIAAS 和回肠消化率数据集为基准;建立并整理精选微生物食品数据库,例如解脂耶氏酵母和曲霉属;对蛋白水解消化及肽、氨基酸和小分子吸收过程建模,包括转运蛋白介导的摄取;利用单一微生物蛋白和完整微生物细胞的蛋白质组学与代谢组学数据测试并改进模型;使用实验合作伙伴生成的体外消化及临床试验数据重新训练模型;将模型用于微生物食品的计算重设计以提高生物利用度,并将其作为开源工具发布;在同行评审期刊和国际会议报告研究成果;参与 BRIGHT 及本地、国内和国际网络合作;通过科学出版物、公众参与和社交媒体传播成果;教授并指导硕士生和本科生。
03申请条件
资格条件:拥有生物信息学、计算生物学、机器学习、计算机科学、食品科学或相关领域硕士学位;具备高级 Python 编程经验;具有机器学习经验,包括 PyTorch 等深度学习框架;英语听说读写优秀;沟通和社交能力出色,能在跨学科研究团队中工作;分析能力强且能独立工作。
优先条件(非必需):具有蛋白质语言模型或其他基于序列的表示学习经验;了解蛋白质消化、营养或食品科学,包括 DIAAS 和 PDCAAS 等指标;具有蛋白质组学或代谢组学数据经验;具有数据整理和结构化数据库构建经验,并对开源软件开发感兴趣。须拥有两年制硕士学位(120 ECTS学分)或学术水平相当的同等学位。
审批与注册:博士奖学金须经学术审批,候选人将注册进入DTU的一般学位项目。有关注册要求和博士学习计划,请参阅DTU博士教育规定。
04资助与待遇
我们提供:DTU是全球知名的领先技术大学,在研究、教育、创新和科学咨询方面卓越出众。我们提供富有成就感且充满挑战的国际化工作,并在同事相互尊重、学术自由与责任并重的环境中追求学术卓越。
薪资和聘用条件:聘用遵循丹麦专业协会联合会的集体协议。科研人员薪酬结构请参阅DTU相关信息。聘期为3年,全职。首选开始日期为2027年4月1日(或经双方协商提前开始)。详情可查阅DTU职业发展路径信息。
05申请材料与流程
申请流程:完整在线申请须于2026年11月30日23:59(丹麦时间)前提交,所有材料须合并为一个PDF。请打开“立即申请”链接、填写在线表格,并以英文上传PDF。材料包括:求职动机信;简历;成绩单和学士/硕士学位证书(英文),附官方评分标准说明;一封推荐信及推荐人的电子邮箱和电话号码。可在获得硕士学位前申请,但须取得学位后才能开始工作;逾期申请不予考虑。欢迎所有有意申请者,不受年龄、性别、残障、种族、宗教或族裔背景限制。DTU研究涉及受特殊安全和出口管制规定约束的关键技术,因此可能对合格候选人开展公开来源背景审查。
BRIGHT任务2:微生物食品。该任务旨在建立人工智能驱动的框架,合理设计满足消费者接受度、健康、可持续性和规模化四项目标的微生物食品。第一阶段聚焦曲霉属和解脂耶氏酵母两种真菌底盘,将通过多组学、感官分析、生命周期评估和安全测试表征500多种原型。团队将通过主动学习迭代训练风味、质地、营养和工艺放大的预测模型。研究范围包括菌株工程、适应性实验室进化、固态和液态发酵、感官与消费者研究,以及与国内外伙伴合作开展的临床前和临床安全性、生物利用度及心脏代谢健康评估。
BRIGHT——诺和诺德基金会绿色转型生物技术研究院:该DTU重大计划旨在加快生物解决方案开发并加强生物基经济。BRIGHT是学术和产业伙伴共同释放生物生产潜力的枢纽,聚焦可持续材料、微生物食品及净零农业微生物三大方向,分别致力于开发化石来源材料的生物基替代品、利用微生物技术创新食品生产,以及减少农业温室气体排放。目标是开发并规模化创新生物解决方案,为化石基产品和流程创造可持续且有竞争力的替代方案,显著助力减少全球温室气体排放。
丹麦技术大学自1829年以来致力于造福社会,是欧洲领先的精英技术大学之一。学校通过国际顶尖水平的研究和教育应对重大社会挑战,助力欧洲保持可持续技术发展的全球领先地位。学校使命是运用自然科学和技术科学发展并创造价值,以造福社会。DTU拥有13,800名学生、1,600名博士生和6,500名员工,工作环境国际化、包容、积极且非正式;在丹麦各地和格陵兰设有校区,并与全球一流大学合作。